研究院将致力于研究并发展新结构经济学，并与山东省经济发展特色、山东财经大学研究优势相结合，以产业结构升级和区域协调发展为切入点，研究要素禀赋结构变化对经济转型的影响。研究院重点关注如何从山东省作为新旧动能转换综合试验区的实际出发，在“有效市场”和“有为政府”共同作用下，推动区域经济高质量发展，并总结具有山东特色的经济发展模式，服务地方经济与社会。研究院将培养引领我国经济学理论新思潮的有理想、有本领、有担当的拔尖型创新人才，推动学校产教融合和人才培养的内涵式发展。